La stimulation cérébrale auditive, véritable musculation de l’oreille moyenne, permet d’activer les mouvements des osselets de l’oreille moyenne et de renforcer les deux petits muscles qui y sont associés. La transmission du message auditif par l'oreille interne vers le cerveau est ainsi optimisée, ce qui permet de rétablir les fonctions déficientes et de corriger les filtres ou barrières que la personnalité a pu ériger en réaction à des événements passés douloureux ou traumatiques, déclencheurs de nombreux troubles.
Les sons du traitement provoquent une intense stimulation du cerveau par l’entremise du nerf auditif. Ils ont pour effet d’orienter la latéralité auditive et d’améliorer la conductivité du corps calleux (structure qui permet aux deux parties de l’encéphale de communiquer entre elles), ce qui permet aux hémisphères cérébraux de mieux remplir leurs fonctions respectives et de fonctionner de manière équilibrée l’un par rapport à l’autre.
Les scientifiques ont longtemps cru qu’il était presque impossible de corriger les dommages subis au cerveau. Or on sait aujourd’hui que le cerveau est capable de se réorganiser grâce à sa plasticité : il possède une capacité extraordinaire d’évoluer, de développer de nouvelles connexions et de modifier la fonction de ses réseaux, et ce à tous âges. La plasticité cérébrale permet de miser sur une rééducation par stimulation ayant pour objectif de développer de nouvelles capacités cognitives et contribuer à pallier certaines difficultés (troubles de mémoire, difficultés de communication, de langage, de lecture et d’écriture).
La méthode a l’avantage de ne pas affecter l’estime du sujet puisqu’elle n’est pas centrée sur les difficultés, mais sur l’écoute de sons. Chaque protocole de travail individuel est construit à partir des résultats d’un bilan qui mesure précisément et factuellement les capacités d’écoute consciente et la dimension psychique associée. Ceci relève d’une démarche très cartésienne et scientifique, et ne laisse pas de place à une interprétation subjective. L’Audio-Psycho-Phonologie n’intervient donc pas dans le même registre que la psychanalyse.